En 2050, l’antibiorésistance pourrait devenir la première cause de mortalité dans le monde, devant le cancer et les maladies cardiovasculaires. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) classe ce phénomène parmi les grandes menaces pour l’humanité : des bactéries de plus en plus résistantes aux antibiotiques, des infections devenues impossibles à traiter, des actes chirurgicaux et des soins intensifs compromis. Pourtant, une solution existe peut-être – et elle est centenaire : les bactériophages, ces virus naturels qui s’attaquent spécifiquement aux bactéries.

Un remède oublié par l’Occident

Découverts dans les années 1920, les bactériophages ont été les premiers agents antibactériens connus. Mais l’arrivée des antibiotiques, plus simples d’emploi, à large spectre et extrêmement efficaces, les a rapidement éclipsés dans le bloc occidental. À l’Est, en revanche, la phagothérapie a survécu : en Géorgie, on peut encore acheter ces virus en pharmacie pour traiter une infection. Aujourd’hui, la résistance aux antibiotiques pousse les chercheurs à redécouvrir cette arme oubliée.

Contrairement aux antibiotiques qui détruisent sans distinction toute la flore microbienne, un bactériophage ne cible qu’un nombre très restreint de souches bactériennes. Cette précision chirurgicale constitue un atout thérapeutique majeur, mais aussi un défi logistique. Comme l’explique une microbiologiste ayant cofondé une start-up spécialisée : « Chaque phage n’est capable de tuer qu’un tout petit nombre de bactéries. » Il faut donc identifier, parmi des milliers de candidats, le phage adapté à une infection donnée.

L’intelligence artificielle au service de la sélection

C’est là qu’intervient l’intelligence artificielle. La start-up Phagos, cofondée en 2021 par Adèle James, microbiologiste, et Alexandros Pantalis, diplômé d’une école de commerce, s’est donné pour mission de rendre la phagothérapie viable. L’entreprise a constitué une collection de 1 600 bactériophages entièrement caractérisés et séquencés. Ses propres modèles d’IA permettent de sélectionner, parmi cette banque, les virus les plus prometteurs face à une bactérie pathogène particulière.

« Plutôt que de tester toute notre collection, on va tester les meilleures prédictions que nous donne notre modèle », détaille Adèle James. Un second modèle prédit ensuite les combinaisons de phages les plus efficaces – et celles à éviter. Grâce à cette approche, un traitement sur mesure peut être produit en deux semaines si les phages sont déjà en collection, ou en deux mois si une « pêche aux phages » dans l’environnement s’avère nécessaire.

De l’élevage à la santé humaine

Phagos s’est d’abord concentrée sur le marché vétérinaire, où l’antibiorésistance cause des pertes considérables. L’entreprise est la première en Europe à avoir obtenu une autorisation de vente de médicaments vétérinaires à base de bactériophages sur mesure. Il a fallu quatre ans de démarches, entamées dès la création de la société en 2021, pour décrocher ce sésame auprès des autorités vétérinaires françaises.

Aujourd’hui, plus de deux millions d’animaux – porcs et poulets principalement – ont été traités en France. Le fonctionnement est simple : sur prescription d’un vétérinaire, l’éleveur signale l’infection, la souche bactérienne est envoyée au laboratoire, analysée, et un cocktail de phages est produit puis livré à la ferme. La start-up a levé 25 millions d’euros fin 2025 et emploie 70 personnes, dont 90 % de profils scientifiques.

Prochaines étapes : les États-Unis et la médecine humaine

Forte de ce premier succès, Phagos prépare son expansion aux États-Unis et, à l’horizon 2030, le passage à la santé humaine. L’enjeu est de taille : face à des bactéries devenues résistantes à tous les antibiotiques disponibles, les phages pourraient constituer la dernière ligne de défense. L’intelligence artificielle, en accélérant la recherche du bon virus pour chaque infection, rend cette thérapie centenaire enfin applicable à grande échelle.