Un microbiote de l'extrême préservé par le froid

C'est une découverte qui interroge notre conception même de la momification. Plus de cinq millénaires après la mort d'Ötzi dans les Alpes de l'Ötztal, son corps conserve des micro-organismes bien vivants. Des chercheurs de l'Institut d'études sur les momies d'Eurac Research ont mis en évidence la présence de quatre souches de levures qui prolifèrent encore, à un rythme extrêmement lent, sur la peau du défunt, dans son estomac et dans l'eau de fonte prélevée à l'intérieur de son corps.

Un environnement de conservation qui a favorisé la survie microbienne

Depuis sa découverte en 1991 par un groupe de randonneurs, Ötzi est conservé au musée archéologique du Tyrol du Sud, en Italie, dans une chambre froide maintenue à -6 °C et à un taux d'humidité de 99 %. Un brouillard d'eau traitée aux ultraviolets est pulvérisé régulièrement pour protéger la dépouille des agents de décomposition habituels. Or ce microclimat, conçu pour éviter la prolifération des bactéries putréfiantes, s'avère idéal pour des levures psychrophiles — adaptées au froid — que la momie a importées du glacier.

Les souches identifiées appartiennent aux genres Phenolifera, Glaciozyma, Goffeauzyma et Mrakia. Elles sont génétiquement proches de levues retrouvées dans les glaciers arctiques, en Antarctique et en haute altitude dans les Alpes italiennes et russes. Pour les chercheurs, il ne fait guère de doute que ces micro-organismes ont colonisé le corps peu après la mort d'Ötzi, alors que celui-ci gisait sur la glace.

Des traces d'ADN ancien et une activité biologique encore mesurable

Pour distinguer les microbes contemporains (contaminations introduites lors des manipulations ou du stockage) de ceux qui accompagnent Ötzi depuis des siècles, l'équipe menée par Mohamed S. Sarhan a eu recours à deux méthodes complémentaires. D'une part, la métagénomique « shotgun », qui séquence l'ensemble des fragments d'ADN présents dans un échantillon. Les fragments portant les marques de dégradation typiques de l'ADN ancien — cassures chimiques accumulées au fil du temps — ont été considérés comme authentiquement anciens. D'autre part, la mise en culture des échantillons a permis d'observer des colonies vivantes.

Frank Maixner, directeur de l'Institut d'études sur les momies et co-auteur de l'étude, a résumé la situation en déclarant que « ces levures ont accompagné Ötzi au cours de son long voyage à travers les millénaires ». Leur présence active, bien que ralentie par le froid, constitue selon les scientifiques un cas unique de continuité biologique sur une momie aussi ancienne.

Une démarcation entre les bactéries intestinales mortes et les levures vivantes

Les travaux précédents, notamment une étude de 2019, avaient déjà décrit l'ancien microbiote intestinal d'Ötzi à partir de fragments d'ADN bactérien. Mais ces bactéries étaient toutes mortes : seuls des fragments d'ADN dégradé subsistaient. La nouveauté de ces recherches réside dans la mise en évidence d'une activité métabolique maintenue chez les levures, qui semblent se reproduire, même à un rythme « glaciaire », comme l'écrivent les auteurs.

Les échantillons prélevés à deux moments différents — en 2010 et en 2019 — montrent en moyenne des fragments d'ADN plus longs et moins endommagés lors du second prélèvement, preuve que l'ADN récent issu de la multiplication des levures s'ajoute à l'ADN ancien déjà présent.

Une question ouverte sur la frontière entre artefact et écosystème

Cette découverte soulève une interrogation plus large : jusqu'où peut-on considérer une momie comme un objet inerte ? Les levures d'Ötzi forment un écosystème microbien vivant, hérité de l'environnement alpin de l'âge du Cuivre. La question de la contamination moderne est minutieusement écartée par les chercheurs, qui ont également analysé l'air de la salle de conservation, les surfaces du laboratoire et un bloc de sol gelé prélevé à côté du corps en 1991. Les levures retrouvées sur Ötzi ne correspondent pas aux espèces communes de l'environnement muséal actuel.

Les résultats, publiés dans une revue scientifique, invitent à repenser les protocoles de conservation des momies naturelles. Si le froid préserve les tissus, il préserve aussi une partie de leur vie microbienne. Les scientifiques d'Eurac Research poursuivent leurs analyses pour comprendre si ces levures pourraient avoir un intérêt en biotechnologie, en raison de leur adaptation exceptionnelle au froid prolongé.